Постановлением Правительства Российской Федерации от 31.12.2009 № 1192 были утверждены изменения в ФЦП «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2008 год и на период до 2015 года». 

В 2009 году Госкорпорация «Росатом», по согласованию с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, разработала предложения по внесению в Программу изменений, обусловленных:
 - приведением Программы в соответствие с распоряжением Правительства Российской Федерации от 23.12.2008 № 1903-р о перераспределении бюджетных ассигнований между 2008 годом и плановым периодом 2009 и 2010 годов в отношении мероприятий Минпромторга России и Рособразования, а также с федеральными законами «О внесении изменений в федеральный закон «О федеральном бюджете на 2009 год и на плановый период 2010 и 2011 годов» от 28 апреля 2009 г. № 76-ФЗ и от 3 октября 2009 г. № 230-ФЗ;
 - необходимостью концентрации финансовых и организационных ресурсов на решение ключевых задач обеспечения ядерной и радиационной безопасности;
 - преобразованием ряда федеральных государственных унитарных предприятий, на объектах которых реализуются мероприятия Программы, в открытые акционерные общества.

Общий объем финансирования Программы на 2008-2015 годы составляет 145,31 млрд. руб., в том числе из средств федерального бюджета – 130,23 млрд. руб., из внебюджетных источников – 13,8 млрд. руб. и из средств бюджетов субъектов Российской Федерации – 1,28 млрд. руб.